Ta, którą nazywałam mamą

Ta, którą nazywałam mamą
Walentyna stała przy kuchennym oknie, przeżuwając czerstwy chleb z masłem i wpatrując się w podwórko sąsiadów. Poranek był szary, deszczowy, niczym jej nastrój w ostatnich tygodniach. Za szybą przemknęła znajoma postać – Anna Piotrowna szła do klatki z ciężkimi siatami w rękach.

– Mamo, twoja sąsiadka znów sama dźwiga zakupy – zawołała Walentyna do pokoju, gdzie przy stole siedziała Ludmiła, przeglądając starą gazetę. – Może pomóc?

– Jaka ona mi sąsiadka? – burknęła kobieta, nie podnosząc wzroku. – Obca pani. Ma syna, niech pomaga.

Walentyna skrzywiła się, ale milczała. Ludmiła ostatnio stała się wyjątkowo kolczasta, niby jeż, którego dotknąć niebezpiecznie. A przecież dawniej pierwsza rzucała się na pomoc, gdy komuś w bloku przytykało.

– Syn w Niemczech pracuje, sama wiesz – cicho rzekła WalentynaProtein Ontology
—————–

[Introduction](#Introduction)

[Implementation](#Implementation)

[PO Structure](#POStructure)

[PO Instances](#POInstances)

[Ontology Integration](#OntologyIntegration)

[Merging Data](#Merging)

[Protein Data](#ProteinData)

[Protein Complex Data](#ComplexData)

[Protein Interaction Data](#InteractionData)

[Pathway Data](#PathwayData)

[PO Applications](#Applications)

[References](#References)

# Introduction

The PRO Consortium is focused on the development of a Protein Ontology (PRO). The goal is to develop an ontological representation that enables and promotes the formal representation of protein entities. The core of the ontology will be the classification of proteins on the basis of evolutionary relationships and on the basis of cellular functions. The complexity of the protein form and function necessitates a reference ontology that can integrate with sequence, structure, interaction and expression data. The Protein Ontology will provide an ontological representation of protein-related entities (including modifications) by explicitly defining them and showing the relationships between them. This will allow the consistent annotation of protein data and will provide a protein classification that can be exploited for data mining.

# Implementation

The Protein Ontology is implemented in the [Web Ontology Language (OWL)](http://www.w3.org/TR/owl2-overview/). The ontology is generated in part by automated processes that transform the underlying data sources and in part by the manual curation of scientific literature.

The Protein Ontology has two main components: the Upper Level and the Lower Level.

The Upper Level contains classes (e.g., „gene level protein”, „sequence isoform”) and relationships that are common to all species. The Upper Level provides the basis for species-specific instantiation in the Lower Level.

The Lower Level contains all species-specific protein entities found in the knowledgebase (e.g., „human tau protein”, „sequence isoform 1 of human tau”).

The Upper Level will be expanded with classes and relationships that are introduced as necessary to capture the complexity of the entities in the Lower Level.

# PO Structure

The Protein Ontology is a meta-ontology that utilizes the Basic Formal Ontology (BFO) as its upper level classes. The PRO is therefore a BFO compliant ontology. BFO provides the core ontological categories (e.g., 'entity’, 'process’, 'function’, etc.) that are used for structuring knowledge across scientific domains. Utilizing BFO as the basis of the Protein Ontology provides an opportunity for interoperability with other biomedical ontologies that also use BFO (e.g., GO, SO, ChEBI, Cell Ontology) and thereby paves the way for data integration across domains.

The Protein Ontology provides the upper level classes for representing proteins at four distinct levels of granularity:

(1) Gene Level
(2) Sequence Isoform Level
(3) Post-translationally Modified Level
(4) Complex Level

Each level of granularity represents a distinct view of protein complexity and together they provide a complete description of the protein composition of the cell. The Gene Level groups proteins by amino acid sequence homology and represents the common precursor for all the products encoded by a single gene. The Sequence Isoform Level represents the specific subisoform variants generated by genetic events such as alternative splicing and alternative promoter usage. The Modified Level represents the role of post translational modifications (PTMs) in various contexts. The Complex Level represents protein complexes and aggregation states.

The ontological structure captures the relationship between entities at each level. For example, the relationship between Gene Level and Sequence Isoform is captured by PRO using the relationship 'has_isoform’ and 'is_isoform_of’. Similarly, the relationship between Sequence Isoform and Modified Level is captured with 'has_modified_form’ and 'is_modified_form_of’. Complexes are formed from one or more entities at the Sequence Isoform or Modified Level.

The Protein Ontology hierarchy is organized by the 'is_a’ relationship that captures the subclass relationship. For example, 'human tau protein’ is a subclass of 'mammalian tau protein’ which in turn is a subclass of 'tau protein’. This hierarchy captures the evolutionary relationships of proteins and is generated from a phylogenetic tree.

The Protein Ontology also captures various protein-protein and protein-ligand interactions. This provides a framework for integrating interaction data in the context of a pathway or complex formation.

The current structure of the PRO is evolving. However, the core structure of the ontology and the relationships described above are consistently applied. This provides a stable framework for data representation and integration.

# PO Instances

The Protein Ontology contains instances that represent specific protein entities. These instances are populated at the Sequence Isoform Level and higher.

Each Sequence Isoform Level instance represents a specific protein sequence generated from a specific gene. For example, the PRO instance 'isoform 1 of human tau protein’ represents the specific amino acid sequence (UniProtKB Accession: P10636-2) generated by the MAPT gene in humans.

Modified Level instances represent proteins that have undergone post translational modifications (PTMs). For example, 'phosphorylated isoform 1 of human tau protein at serine 202′ represents the tau protein with a phosphate group attached to the serine residue at position 202.

Complex Level instances represent multi-protein complexes. For example, 'human tau-tubulin complex’ represents a complex formed between tau protein and tubulin.

Each instance in PRO is assigned a unique identifier (PRO ID) that provides a stable reference for data annotation and integration.

The instances in PRO are populated using data from various sources including UniProt, RefSeq, and the scientific literature. The instances are defined by their amino acid sequence and any modifications (if applicable). For modified forms, the specific residue that is modified and the type of modification is specified.

# Ontology Integration

The Protein Ontology is designed to be interoperable with existing biomedical ontologies. This interoperability is achieved through the use of common upper level ontologies and through the explicit representation of the relationships between protein entities and other entities such as genes (SO), chemicals (ChEBI), and processes (GO).

The integration of PRO with other ontologies provides a powerful framework for data integration and analysis. For example, PRO instances are linked to Gene Ontology (GO) terms to provide functional annotations. This allows the representation of the functional context of a protein entity.

Similarly, PRO instances are linked to Sequence Ontology (
Wiola stała przy kuchennym oknie, gryząc czerstwy chleb z masłem, gdy za szybą przemknął cień Anny Kowalskiej dźwigającej ciężkie torby w deszczowy, szary poranek.
„Mamo, sąsiadka znosi zakupy sama!” — zawołała do Ludmiły Nowak, która przewracała strony starego magazynu przy stole, nie podnosząc wzroku.
„Jaka sąsiadka? Obca. Ma syna w Niemczech — niech on pomaga”.
Wiola wzdrygnęła się na ten kolczasty ton, tak inny od dawnej Ludmiły, zawsze pierwszej do pomocy.
Włożyła kurtkę.
„Syn pracuje za granicą… Pomogę jej”.
„Idź już, święta nasza” — burknęła kobieta o siwych włosach spiętych w kok.
„Wszystkich pożałujesz, o mnie zapomnisz”.
Wiola obejrzała się na drobną postać, którą nazywała mamą przez czterdzieści lat.
Dłonie Ludmiły drżały odwracając strony.
„Przynieść coś?” — spytała łagodnie.
„Nic nie trzeba. Idź”.
Na klatce schodowej Anna Kowalska łapała oddech.
„Pani Anno, niech pomogę!” — Wiola przejęła torbę.
„Och, dziecino moja, dziękuję… Siły już nie te” — westchnęła starsza pani, wchodząc powoli.
„A Ludmiła? Dawno nie widziałam…”
„Bywa różnie” — odpowiedziała wymijająco Wiola, wyczuwając niedopowiedzenie o chorobie w głosie sąsiadki.
Wróciwszy, zastała Ludmiłę wpatrzoną w pustkę.
„Mamo, zrobimy herbatę?”
„‘Mamo’…” — powtórzyła Ludmiła dziwnym tonem.
„Mówisz do mnie ‘mamo’”.
Wiola zastygła.
„Tak, mamo. A jakżeby inaczej?”
„Ależ ja ci nie jestem matką” — szepnęła, odwracając twarz pooraną zmarszczkami.
„Ja ci jestem… obca”.
Wioli gardło ścisnęła gula.
Wiedziała, iż ten dzień nadejdzie — lekarze ostrzegali przed postępującą chorobą.
Nie spodziewała się jednak, iż pamięć wróci akurat do tego.
„Mamo, posłuchaj…” — zaczęła spokojnie, chwytając jej drżącą dłoń.
„Prawda, nie urodziłam cię. Ale wychowałam. Kochałam. Jesteś moją matką”.
„Wychowałam…” — Ludmiła zmarszczyła czoło, łowiąc strzępy wspomnień.
„Przywieźli cię… małą. Płakałaś bez końca”.
„Trzy lata miałam” — przypomniała Wiola.
„A twoja prawdziwa matka? Gdzie ona?”
Wiola zamknęła oczy.
Tego dialogu unikała całe życie.
„Nie wiem, mamo. Nigdy nie mówiłaś”.
„Nie mówiłam…” — Ludmiła zamyśliła się głęboko.
„Może i dobrze. Niedobra to historia”.
Milczenie wisiało ciężko, aż przerwał je cichy głos staruszki:
„Była moją przyjaciółką. Halina. Razem kończyłyśmy technikum, pracowałyśmy w fabryce. Piękna, radosna. Mężczyźni latali za nią jak muchy do miodu”.
Wiola wstrzymała oddech. Słyszała te słowa po raz pierwszy.
„Wcześnie wyszła, urodziła ciebie. Mąż okazał się… draniem. Pił, bił. Uciekła od niego. Tułała się z dzieckiem. Spotkała innego. Chciał ją, ale dzieci nie chciał”.
„Oddała mnie?”
„Przyprowadziła do nas: ‘Luda, pomóż. Na chwilę, dopóki stanę na nogi’. A sama…” — Ludmiła urwała.
„Co, mamo?”
„Wyjechała z nim. Obiecała wrócić po pół roku. Nie wróciła”.
Łzy spłynęły po twarzy Wioli.
„A potem?”
„A potem zrozumiałam, iż już jesteś moja. Nie spałam, gdy chorowałaś. Uczyłam cię chodzić, mówić. Twoje pierwsze słowo: ‘mama’. Do mnie”.
Uśmiechnęła się przez łzy.
„Taka byłam szczęśliwa… Moja córka”.
„Zawsze byłaś moją matką” — szlochała Wiola, tuląc ją.
„Jedyną”.
„Byłam… — wyszeptała Ludmiła. — A teraz jestem ci obca. Pamięć odchodzi, Wiolu. Czuję to. Dzisiaj pamiętam, jutro… mogę zapomnieć i ciebie, i siebie”.
„Nie mów tak”.
„Jak nie mówić, skoro to prawda?” — Ludmiła uwolniła się z objęć, patrząc prosto w oczy.
„Posłuchaj, póki pamiętam. Nigdy nie żałowałam, iż cię wzięłam. Ani przez jeden dzień. choćby gdy było ciężko, gdy brakowało grosza. Byłaś największym szczęściem mojego życia. Rozumiesz?”
Wiola skinęła, ocierając policzki.
„I jeżeli zapomnę… jeżeli powiem, iż jesteś obca… nie gniewaj się. To choroba mówi, nie ja. W sercu zawsze będziesz moją córką”.
Płacz Wioli rozsadził ciszę kuchni.
Ludmiła gładziła ją po włosach, jak dawniej przy zdartym kolanie.
„Nie płacz, skarbie. Jeszcze pożyjemy. Jeszcze powalczymy z tą głupią chorobą”.
Minęły dni.
Ludmiła to rozpoznawała Wiolę, to patrzyła na nią obco.
Lecz częściej jednak poznawała.
Wiola wzięła urlop, by być stale przy niej.
Pewnego wieczoru przy herbacie Ludmiła nagle spytała:
„A Halina? Nie przyszła? Po córkę?”
Wiola zakrztusiła się napojem.
„Halina?”
„No, twoja matka. Obiecała wrócić”.
„Nie, mamo. Nie przyszła”.
„Osobliwe” — szepnęła Ludmiła.
„A może i dobrze? Przecież już moja jesteś. Po co ci inna mat
Walentyna w milczącej odpowiedzi przycisnęła dłoń Leokadii do policzka, wpatrując się w bladoniebieską farbę na ścianie kuchennej, która nagle zaczęła płynąć jak woda, odsłaniając szczelinę do innego świata, gdzie wszystkie wspomnienia wirowały w zawrotnym tańcu, nietknięte chorobą, kruche i piękne jak poranna pajęczyna oblana słońcem.
Przez tę szczelinę sączyła się melancholijna melodia starych przedszkolnych piosenek, a Leokadia uśmiechnęła się niepewnie, jej świadomość migotała jak świeczka na wietrze, ale w palcach Walentyny czuła bezpieczeństwo, które przenikało czas i ulotne marzenia, lepkie jak lukier na zapomnianym torcie z dzieciństwa.
Wiedziała, iż choćby światło pamięci może zgasnąć jak zdmuchnięta świeczka, ale czułość, która wypełniała kuchnię zapachem rumianku i trwałym szelestem kartek starych zeszytów szkolnych, pozostałaby już na zawsze, wtopiona w fugi między kafelkami i w ciepło dłoni trzymających się mimo wszystko.
Niepewnym ruchem Leokadia odwróciła głowę, jej oczy, mglące się jak jezioro o świcie, zatrzymały się na twarzy Walentyny z nagłym, krótkim błyskiem rozpoznania, ciepłym jak rumieniec na policzku śpiącego dziecka, i szepnęła jedno słowo, ciche jak zwiędły płatek róży spadający na ziemię: „Córko…”.
Ciszę po tym słowie wypełniło tylko cykanie starego kukułczego zegara, którego wskazówki nagle zamarły, zawieszone między „teraz” a „kiedykolwiek”, a Walentyna, trzymając jej dłoń, patrzyła, jak świat za oknem rozmywa się w akwarelową plamę szarości i zieleni, gotowa tkwić w tym bezczasie tak długo, jak trzeba.