Z uwagi na powodziowe uszkodzenia infrastruktury kolejowej na terenie Czech ruch kolejowy w regionach przy granicy z Polską jest utrudniony.
W regionie ołomunieckim i śląsko – morawskim część szlaków zostanie przywrócona dopiero w grudniu 2024. Niektóre szlaki Písečná – Mikulovice i Mikulovice – Zlaté Hory w regionie ołomunieckim ruch kolejowy zostanie przywrócony dopiero w drugim półroczu 2025.
Częściowo przywrócony został ruch kolejowy na trasie Polska – Czechy – Polska. Pociągi w kierunku Czech i przez Czechy kursują przez przejście kolejowe w Zebrzydowicach. Z uwagi na uszkodzoną przez powódź infrastrukturę w Chałupkach – to przejście kolejowe jest czasowo nieczynne. Część pociągów do / z Czech kursuje w skróconej relacji i zaczyna / kończy bieg w Bohuminie lub na terenie Polski w Chałupkach, Rybniku lub Katowicach.
Powódź nie oszczędziła również Austrii. Z uwagi na występujące utrudnienia, spowodowane uszkodzoną infrastrukturą został czasowo wstrzymany ruch kolejowy z Polski do Wiednia i Monachium. Pociągi do Wiednia kursują w skróconej relacji do / z stacji krajowych: Rybnik, Wodzisław Śląski, Chałupki, Katowice i Kraków. Również kursowanie pociągu IC/EC Batory do Budapesztu zostało skrócone do odcinka Warszawa – Chałupki – Warszawa.